Le polygale alpestre est une petite plante de 5 à 20 cm, en touffes plus ou moins denses. Les tiges sont plus ou moins ascendantes. Le polygale alpestre a des feuilles alternes et sans rosette basale. Les supérieures sont plus grandes que les inférieures. Les fleurs, en grappes de 7 à 15, sont bleues. Les ramifications des nervures des ailes sont peu visibles.
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Cas particulier : voir commentaire
Polygala alpestris var. morisiana (Rchb.) P.Fourn., 1937
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Polygala amara subsp. alpestris (Rchb.) Arcang., 1882
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Polygala microcarpa A.Kern., 1883
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Polygala morisiana Rchb.f., 1858
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Polygala vulgaris proles alpestris (Rchb.) Bonnier
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Polygala vulgaris proles morisiana (Rchb.f.) Rouy & Foucaud, 1896
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Polygala vulgaris subsp. alpestris (Rchb.) Rouy & Foucaud, 1896